난징 대학의 전신은 1902년 설립된 三江師範學堂 이다. 1950년에는 교육부의 지시에 따라 지금의 난징대학으로 변경하였다. 1952년 국가차원의 대학구조 개편에 따라 공과대학, 농과대학, 사범대학 등이 분리되는 대신, 1888년 세워진 진링대학을 합병하였다.

2016년 기준 인문대학, 외국어대학, 법과대학, 생명과학대학, 사회대학, 환경대학, 의과대학, 물리대학, 대기과학대학, 상과대학, 천문공간과학대학, 지구과학공과대학 등 28개의 단과대학, 87개의 학부 전공, 162개의 석·박사과정으로 구성되어 있다. 푸커우 캠퍼스는 대학 신입생과 2~3학년생이 사용하며 주 캠퍼스와는 셔틀버스나 공공교통수단으로 연결된다. 중국 교유회 공지한 2020년 중국대학 종합순위에서 난징대학은 4위권에 등장한다.